L’implantation humaine de Colonzelle, remonterait à l’époque antique, entre le Ve et le VIIe siècle. En effet, des vestiges archéologiques datant de cette époque (plusieurs cercueils à auge en pierre) ont été retrouvés dans le cimetière de la chapelle Saint Pierre.
Au Xe siècle, l’état monastique, à l’origine du développement de la commune, subit l’avènement du régime féodal : les religieux à la tête des colonies se mirent à gérer les biens dont ils avaient la charge jusqu’alors, en leur propre nom et comme bénéficiaires, a l’instar des seigneurs. Il en découla des rivalités entre voisins et obligea chaque localité à se défendre et à se fortifier. Les collonzellois durent ainsi s’établir sur les bords du Lez, au sommet d’une rive escarpée, sur laquelle des fortifications pouvait être aménagées. C’est l’origine du village actuel.
En 1588, débute une période difficile pour Colonzelle et ses communes voisines. En octobre, Brotin, subordonné du capitaine Ferréol s’empara du lieu et du château de Colonzelle. Il commença par lever des contributions dans la population, puis, continua en pillant et incendiant les fermes. Seule la révolte des habitants, en janvier 1589 et la pendaison dudit Brotin put mettre un terme au siège.
Vers 1620, Colonzelle subit à nouveau les invasions des protestants. Depuis lors, la commune n’a pas connu d’importants bouleversements historiques. Le village se développa en faubourg dans sa partie sud dès 1484.Quelques habitants s’établissent à Margerie, et initient un développement qui se poursuivra. En 1727, on comptait 16 ménages, en 1762, 101 personnes, en 1886, 33 maisons et 132 personnes. L’église dédiée à Notre-Dame-des-Lumières a été construite vers 1661 et un décret de 1880 accorde à Margerie l’implantation d’une école.
En 1866, la population de Colonzelle s’élevait à 641 habitants puis la commune amorça une lente décroissance démographique liée à l’exode rural qui débute à cette période. Aujourd’hui, Colonzelle reste une commune rurale. Elle compte approximativement 540 habitants.
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